تتعدد فوائد بذور زيت الكتان حتى بات البعض يستبدلها بزين الزيتون وزيت دوار الشمس في الطعام .  تحتوي بذور الكتان على زيت ثابت بنسبة تصل الى 40 في المائة تقريبا وهو زيت له قيمة غذائية كبيرة وحوالي 90 في المائة من الأحماض الدهنية من أهمها حمض اللينولينيك وحمض اللينليتيك ( أوميغا 6 الاحماض الدهنية غير المشبعة) وفي كل مائة غرام من هذا الزيت على 55 غرام من زيت اوميغا 3. كما يحتوي على بروتينات وصموغ وجلوكوزيدات اللينامارين الذي يكون السيانوجين وجلوكوزيد السيانوفوريك.

ويستخرج من البذور ذات الرائحة المميزة زيت يطلق عليه اسم" الزيت الحار" والمعروف بالسيرج. وعدا عن استخدامه طبيا فانه يباع كزيت للطبخ في كل المحلات التجارية ويستبدل بزيت الزيتون وزيت دوار الشمس.  ويحظى بذر الكتان في المانيا بطلب كبير لفوائده المتعددة بعد ان أثبتت دراسات كثيرة حديثة ان مشروب مسحوق بذور الكتان ملين ومدر للبول ويفيد كثيرا في علاج النزلات الصدرية، ونظرا لانه غني بالدهون والمواد الهلامية فانه يشكل علاجا جيدا لكثير من المشاكل المعوية والصدرية، لا سيما عندما تؤخذ البذور كاملة داخليا فانها تخفف التهيج في القناة الهضمية وتمتص السوائل لانها تشكل كتلة هلامية تعمل كملين كتلي فعال.

وتستعمل هذه البذور لمعالجة الامساك وقرحة المعدة والاثني عشر والحصوات والتهابات الجهاز البولي. اذ تغلى كمية ملعقة كبيرة من البذور المجروشة في كوب ماء كبير وتترك لمدة عشر دقائق ثم تحرك جيدا وتشرب كاملة بما في ذلك الحبوب المجروشة وذلك بمعدل مرتين في الصباح وفي المساء.  ولعلاج القروح وتيفوئيد الأمعاء والحصوات المرارية ونوبات المغص يستعمل زيت بذور الكتان بمعدل ملعقة صغيرة ثلاث مرات يوميا، كما تفيد بخات بذر الكتان الساخنة للمعالجة قروح الجلد والتهابات الغدة النكفية بمعدل مرتين يوميا، ويمكن معالجة الحروق باستخدام زيت بذور الكتان كدهون موضعي على مكان الحروق. وفي المانيا تستخدم بذور الكتان كعلاج للامساك بدل العقاقير الكيماوية وكذلك لعلاج التهابات الجلد، وضد حساسية القولون وضد التهابات المثانة ، بحيث يؤخذ ملء ملعقة من مجروش البذور تغلى لمدة ثلاث دقائق مع كوب ماء كبير وتبرد وتشرب كاملة مرة واحدة في اليوم. ولتجميع الشوائب والمواد الغريبة في العين تستخدم بذرة واحدة من الكتان بعد ترطيبها وتوضع تحت مقلة العين. واثبتت الدراسات الاخيرة ان بذور الكتان تخفض من نسبة الكولسترول.